Il paese fu fondato dai monaci di Farfa. Anche questo castello fa parte dell'ultima fase della fondazione di insediamenti fortificati, avvenuta in Sabina tra fine Duecento e primo Trecento. La più antica notizia di Monte S. Maria risale al 1339, quando Benedetto XII lo elencò tra i castelli sottratti a Farfa. Il suo apparato fortificatorio doveva essere stato costruito in modo molto accurato, dato che, nella seconda metà del XIV secolo, vi si rifugiò l'abate di Farfa, Sisto, per sfuggire alle compagnie di ventura che stavano compiendo in quel periodo continue scorrerie nella Sabina. Il Comune di Monte Santa Maria in Sabina (fino al 1863 Monte S. Maria), soppresso nel 1876, fu aggregato al Comune di Toffia fino al 1949, anno in cui fu aggregato al Comune di Poggio Nativo.